Plus petit que le Grand Cormoran, il possède une silhouette analogue. L'ensemble de son plumage est noir avec des reflets vert-bouteille. Sur le front, il porte une petite huppe repliée en avant. Celle-ci n'a pas un caractère permanent, elle existe uniquement au printemps, pendant la période nuptiale. Le bec, jaunâtre et noirâtre, légèrement crochu à son extrémité, est plus fin que celui de son proche parent. Au niveau du menton, la peau est nue et possède une coloration bleu sombre. Les pattes sont noires.
Alors que son cousin, le Grand Cormoran se rencontre également sur les plan d'eau et les rivières de l'intérieur, le cormoran huppé est visible uniquement sur les côtes rocheuses, les îles ou les îlots du bord de mer. Son lieu de résidence privilégié est constitué par des falaises escarpées dominant le littoral ou surplombant des écueils.
Il se nourrit exclusivement de poissons, surtout des ammodytes et des sprats, espèces proches du hareng mesurant environ 15 cm et abondantes dans la Manche
Le cormoran bâtit son nid sur des plates-formes rocheuses, dans des anfractuosités de falaise ou dans une grotte, à l'aide d'algues et de branchages cimentés par ses déjections. Entre avril et août, la femelle pond entre 1 et 6 oeufs dont l'incubation dure environ un mois. Les jeunes s'envolent au bout de 53 jours environ.